南京大學水科學研究中心成立於2006年9月。由南京大學“思源”學者，美國依阿華大學終身教授張幼寬博士擔任主任。該機構是南京大學“985”Ⅱ期“地球圈層與環境科技創新平台”重點建設的學科交叉研究中心。
中心的主要任務是利用南京大學與水有關的多學科優勢，針對國家水資源可持續利用和水體污染控制與治理的重大戰略需求，申請並承擔國家重大科研項目，培養一批領先國內、影響國際的
學術帶頭人及其團隊，提升南京大學在國內外
水資源與水環境研究領域的地位。水中心成立之後的二年多來，聯合
南京大學環境學院、地球科學院、地理與海洋學院與生命科學院以及國內多個院校和科研機構，成功申報了國家重大水專項：“
淮河流域水污染治理技術研究與集成示範”。該項目已正式啟動。水中心近期工作的重點是做好淮河項目的組織實施與管理工作。
地址：南京市漢口路22號南京大學水科學研究中心西南樓228