龜馱碑的故事起源於陳宣帝年間，當時北方為北周，北周武帝滅佛時，齊地海曲慧聞禪師被迫從海上南下，遇到大風浪，船沉海底。這時有一隻神龜將慧聞等人駝到江寧（現在的南京）。慧聞向神龜道謝時，神龜說:"師父不認識我了，我就是海曲（今日照）石樑溪放生池裡的老龜。這時慧聞才恍然大悟。原來慧聞在海曲曾買下石樑溪作為放生池。後來慧聞將這個故事講給陳宣帝聽，陳宣帝很感動，就下詔建報恩寺，並為此立碑。石碑由龜背負，既是對神龜報恩的詮釋，也取其天長地久之意。
該故事見於唐代：
健康報恩寺
（唐慧仁）
慧聞者，齊渤海人也。幼年向佛，十二入寺，十六受戒。苦修《大智度論》、《中論》，樹“一心三觀”，啟天台之源。所入法門，非世可知。學者仰之，以為履地戴天，莫知高厚。又以憫寺所得櫬施，買海曲溪石樑為放生池，佛法廣播於
江北。
建德六年，齊地佛門遭劫。聞率僧眾四十餘循海路奔健康。輒遇大風波，楫折船沉。忽現巨龜，負眾僧出水，須臾抵健康。聞口稱南無阿彌陀佛。龜對曰：師父曾記否，吾乃海曲放生池之老龜也。聞恍然大悟。奏聞宣帝，帝大悅，敕建報恩寺，香火祀之。
