機關

故事開始前三年，一小部分人突然發現自己擁有超能力，並懂得如何使用這種力量。同時，他們明白是涼宮春日給予他們這種力量，因此成立“機關”這個組織來團結所有超能力者，目的是要監視涼宮春日。“機關”認為這個世界是由涼宮春日在那時創造出來的。那時，他們都在遠處靜靜地監視涼宮春日，並負責消滅春日心情煩躁時所製造出來的“神人”。但因阿虛的出現和SOS團的成立，而令外星人、未來人和超能力者三股勢力的末端聚集在一起。有見及此，“機關”目前所採取的立場便是繼續觀察，並經常向春日提供新玩意（如《孤島綜合症》），以確保春日不會因感到煩悶而捨棄這個世界。不過，“機關”的內部也有不同的聲音，也有少數激進份子。因此，古泉也曾對阿虛說∶“將所有事情交給你處理也許是件好事。”因為機關與資訊統合思念體的利害關係一致，當中存有合作的可能性。在《雪山綜合症》中提及機關對長門亦有興趣，因為她是資訊統合思念體所造出來的獨特生命體。

鶴屋家是“機關”的贊助者之一。

古泉一樹（聲優：小野大輔/香港：李致林）神秘的轉學生，被春日拐到SOS團的一年九班學生，並被春日任命為SOS團的副團長。在故事中是類似智囊、總是帶著微笑的角色。根據當時心情的不同，古泉臉上的笑容會有很微妙的差別。而他臉上的“人畜無害”的笑容，亦是古泉一樹最突出的人物特色。喜歡玩各式各樣的桌上遊戲，並經常帶不同種類的桌上遊戲到社團教室和阿虛玩，但技術都十分爛。喜歡對阿虛說哲學理論（多半和涼宮春日有關）。真實身份是超能力組織“機關”的一員，是一個只能在封閉空間中發揮超能力的超能力者，平時一樣也是看不出任何特殊之處的普通人。由於工作與涼宮春日的精神不安定而做成的閉鎖空間有關，所以對涼宮春日的精神狀態尤其關心，並自稱是研究涼宮春日精神狀態的專家。在《涼宮春日的消失》中，“那個世界的古泉”是原SOS團員（那個世界沒有sos團，所以加個“原”字）中唯一一個仍待在春日身邊的，並且“那個世界的古泉”喜歡上了“那個世界的春日”。身高是178公分，年齡是15歲。

多丸圭一（聲優：井上和彥/香港：梁志達）

“機關”的一員。在孤島的時候是別墅的主人。在《涼宮春日的陰謀》中更以警察的裝扮登場，並在朝比奈被綁架事件中攔截綁架團。

多丸裕（聲優：森川智之/香港；伍博民）

“機關”的一員。在孤島和雪山的時候是多丸圭一的弟弟。「機關」的一員。在《涼宮春日的陰謀》中更以警察的裝扮登場，並在朝比奈被綁架事件中攔截綁架團。

新川（聲優：大冢明夫/香港：張炳強）

“機關”的一員，在春日面前是“管家”的身份。廚藝超群。古泉每次帶阿虛單獨談話時乘坐的黑色計程車就是他駕駛的，飆車能力卓越。 （兼任遊艇駕駛者、司機及廚師）

森園生（聲優：大前茜/香港：陸惠玲）

“機關”的一員，在春日面前是“女僕”身份，年齡不詳。在《涼宮春日的陰謀》中以平常的辦公室女郎裝扮再次出場。對著敵人（朝比奈綁架團）時的笑容極其可怕。

註：在最新出版《涼宮春日的驚愕》中有透露，“機關”這個組織極有可能是古泉一樹創辦並著手運營的，但目前未經證實。