Ⅱ型限制性內切酶

限制性核酸內切酶（ restriction endonucleases ），根據結構和功能特性，把限制酶分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和IV型。Ⅰ型限制酶的切點不固定，很難形成穩定的、特異性切割末端；Ⅲ型限制酶對 DNA 鏈的識別序列是非對稱的，不產生特異性的 DNA 片段，故基因工程實驗中基本不用Ⅰ型和Ⅲ型限制酶。

Ⅱ型限制酶的主要作用是切割 DNA 分子，在 DNA 重組、構建新質粒、建立 DNA 的限制性酶切圖譜、 DNA 的分子雜交、製備 DNA 的放射性探針、構建基因文庫等方面起到重要作用，是基因工程重要的工具酶。

Ⅱ型限制性核酸內切酶的特點是：一般能識別和切割 4~8 個鹼基對的核苷酸序列；大多數識別序列具有迴文結構；沒有修飾性甲基化酶功能。

Ⅱ型限制性核酸內切酶的切割方式有三種：切割產生 5 ' 突出的粘性末端（ sticky ends ）；切割產生 3 ' 突出的粘性末端；切割產生平頭末端（ blunt ends ）。