海洋微生物學，是以海洋水體為正常棲居環境的一切微生物。海洋細菌是海洋生態系統中的重要環節。作為分解者它促進了物質循環；在海洋沉積成岩及海底成油成氣過程中，都起了重要作用。還有一小部分化能自養菌則是深海生物群落中的生產者。
洋細菌污損
水工構築物，在特定條件下其代謝產物如氨及
硫化氫也可毒化養殖環境，從而造成養殖業的經濟損失。但海洋微生物的頡頏作用可以消滅陸源致病菌，它的巨大分解潛能幾乎可以凈化各種類型的污染，它還可能提供新抗生素以及其他生物資源，因而隨著研究技術的進展，海洋微生物日益受到重視。
