清宣統三年(1911年)九月十九日(公曆11月9日)，福建革命黨人在福州起事，當晚宣告福州光復。九月二十三日，在清總督署大堂(今省府路工交大院)舉行福建軍政府成立典禮，福建同盟會授予參加起義的清新軍第十鎮統制孫道仁以“中華軍政府閩都督之印”。民國元年(1912年)7月12日袁世凱正式任命孫道仁為福建都督。都督府設參謀長、軍政秘書長、高等顧問、參事等幕僚，主要辦事機構為軍務司，另有參謀司、行政秘書處等。全府官佐職員138人。軍務司轄衛隊、陸軍醫院、陸軍監獄等。民國2年12月，孫道仁奉調赴北京，劉冠雄兼福建都督，月底裁去福建都督之職。