通州區檔案館始建於1958年10月，1960年2月通州撤區設縣，改稱通縣檔案館，1968年11月機構撤銷，1980年9月恢復。
1997年9月，
撤縣設區，更名為通州區檔案館。1996年被縣委、縣政府命名為“愛國主義教育基地”，2002年被北京市政府命名為“北京市級愛國主義教育基地”。其主要職能是：1、開展檔案的接收和徵集工作，不斷豐富館藏。2、科學地管理檔案。3、開發檔案信息資源，為社會提供檔案服務。4、參與編史修志，編輯各種史料。5、充分發揮愛國主義教育基地的作用，廣泛開展社會教育工作。
截止到2005年底，通州區檔案館館藏125個全宗，共有檔案124201卷。其中永久74660卷，長期檔案49036卷，短期505卷，
排架總長度1463.8米。起止年度1791—2003年，最早的檔案是清代
乾隆年間（1791年）的民間
地契。