濟寧市航運管理局組建於1953年5月,前身是濟寧專署交通局航運辦事處,1960年,改為“山東省濟寧專員公署航運局”。
內設辦公室、人事科、計財科、科技教育科、水運安全科、航運法規科、監察室、離退休幹部科8個科室,下轄山東省濟寧市地方海事局、濟寧市航道管理處等20個
事業單位、10個直屬航運企業。
改革開放以來,微山湖航運事業得到了快速發展。擁有 各類船舶11000餘艘,300萬載重噸,千噸級船舶可以從
濟寧直達杭州。年完成水路運輸貨運量1000多萬噸,
貨物周轉量50多億噸公里;港口碼頭11處、89個作業區,年設計吞吐能力5200多萬噸;航道通航里程1100公里,其中京杭運河三級主航道130公里;船閘3座,其中二級船閘2座;航運從業人員10萬多人,已形成集船舶運輸、港口裝卸、物資營銷、船舶製造與檢驗、海事、水路交通稽查和航政、運政管理於一體的綜合航運體系,年航運社會總收入達20多億元,年上交國家規費和稅收1.5億元,航運業已成為濟寧經濟發展的重要產業之一。2010年改為濟寧港航局。