是一種編碼可被檢測的蛋白質或酶的基因，類似於報告基因，已經應用於植物基因工程和動物基因工程的研究領域。在植物基因表達調控的研究中，如花色苷代謝中，如查爾酮CHS基因，轉錄因子MYB10基因等。
在植物基因工程研究領域，marker gene必須必備三個條件。第一，可以用來構建沉默或者過表達載體，載體在植物進行表達后可以產生直觀的表型變化。第二，植物中的其他基因，可以與含有marker gene的載體重新構成雙元或者三元載體，進行過表達或者沉默，並引起表達量的變化。第三，形如，含有marker gene的載體通過
農桿菌介導的方法侵染植物，可引起多個基因的表達量的變化。