李南馨，廣東嘉應州長樂縣錫坑鎮（今五華縣）人，武進士。李南馨於1792年（乾隆57年）奉旨接替黃象新，於台灣地區擔任澎湖水師協副將。而隸屬台灣鎮之下的此官職職等為正二品，是台灣清治時期的這階段，扼守台灣海峽的重要武將，並統帥兩標水營，數千名水師兵勇。任滿升任金門總兵。1800年（嘉慶五年）正月任福建水師提督。
李南馨為中國清朝武官官員，本籍福建。
進士出身的李南馨於1792年（乾隆57年）奉旨接替黃象新，於台灣地區擔任澎湖水師協副將。而隸屬台灣鎮之下的此官職職等為正二品，是台灣清治時期的這階段，扼守台灣海峽的重要武將，並統帥兩標水營，數千名水師兵勇。任滿升任金門總兵。