北京師範大學系統科學學院的前身可追溯到1979年成立的非平衡系統研究所,2013年4月組建系統科學學院。
北京師範大學於1985年創建系統理論專業,開始開展系統科學的學科建設;1990年,學校成為系統理論博士學位授權單位;1998年,建立系統科學博士后流動站;2000年,取得系統科學一級學科博士學位授予權;2001年,
系統理論專業被評為國家重點學科;2003年,
系統科學成為北京師範大學"十五"
211工程重點建設項目學科並進入2005年啟動的985工程項目建設;2004年,建立複雜性研究中心,在教育部評估中心組織的一級學科評估中,北京師範大學系統科學學科名列全國第一;2007年再一次順利通過了
教育部的重點學科評估。2012年1月,系統科學科學在教育部組織的學科評估中,排列全國第二位。