鹼徠基配對是DNA雙螺旋結構和RNA（單鏈）的基礎，也是複製、轉錄和翻譯作用的依據。
核酸鏈間腺嘌呤和尿嘧啶（RNA）或
胸腺嘧啶（徠DNA）以及鳥嘌呤和胞嘧啶的專一氫鏈結合。分子雜交技術就是根據鹼基配對的原理設計的。鹼基配對后形成鹼基對（basepair，bp），常用作DNA分子的量度，如人類的線粒體DNA為16569bp。配對的鹼基互稱互補鹼基（complementary base），若一條核酸鏈的鹼基序列與另一條核酸鏈的鹼基序列反平行配對，則二者互稱
互補鏈（complementary strand），如與RNA互補的DNA稱互補DNA（cDNA）。
