那珂郡為過去隸屬日本贊岐國的郡，
廢藩置縣后屬香川縣，已於1899年與多度郡合併為仲多度郡。
廢除前的轄區包括合併后的丸龜市西部地區及海上的島嶼部分、坂出市的海上島嶼、多度津町的海上島嶼、善通寺市的東部地區、琴平町全部地區、滿濃町溪半部地區。
大部分地區在
江戶時代分別屬於高松藩和丸龜藩的領地，另有部分地區為天領，金毗羅村則屬於寺社領。1871年廢藩置縣后，最初分屬高松縣、丸龜縣和倉敷縣，但不到一年內，被整並為香川縣所屬。1873年後，陸續又被整並為名東縣、香川縣、愛媛縣，直到1888年才最終確定屬於再次恢復設置的香川縣。