MS-06FZ

079年2月，在《南極條約》簽訂之後，時任少校的馬·克貝在觀摩了種種正預備開發或者入役的MS后，作出了總結並提出《統合整備計劃》，意在統一MS的部件、耗材、駕駛艙操作甚至乎生產線的規格，這樣可以使駕駛員的機種轉換訓練時間大大縮短，並且統合的OS將會為學生兵等預備役人員提升MS運用效率。但由於當時吉恩方面還是以MS-05B扎古Ⅰ（後期生產型）、MS-06F扎古Ⅱ系列MS為主，其本身零件的通用性、組裝余度、操作方式以及感覺等等沒有太大區別，後勤也能滿足需要，致使《統合整備計劃》被擱置。

然而，到了大戰末期，勇士系列在MS-14A勇士正式量產之後，隨同的學生兵也開始進行新型MS的相關訓練。可是一旦要使用到老式機體例如扎古系列等，其操縱系統的差別又讓這些新兵蛋子無所適從。此時，《統合整備計劃》再度被呈交，經過升任上校的馬·克貝大力遊說以及統帥府高層反覆磋商，最終決定將吉恩公國的主力MS都納入計劃中去。其成果中，便有以代替標準型MS-06F扎古Ⅱ為目標的MS-06FZ 扎古Ⅱ改（ZakuⅡ Kai）。

扎古Ⅱ改改進了駕駛艙，增強了助推器，從而獲得了比扎古Ⅱ更靈活的運動性。機體頭部取消了原有感測器軌道兩側的加強桿，並且收窄軌道，減少被彈率。“嘴”部散熱窗不再使用百葉設計，直接使用一個噴泵提高其工作效能以及減少繁瑣的安裝。此外，該型機出現了一種名為B型的頭部上半裝甲罩，外觀類似納粹德國時期採用的鋼盔，一般也稱其為“弗利茲頭盔（Flitz Helmet）”。按照需要，兩型裝甲罩均可以按照傳統安裝角型天線，成為指揮官機。

軀幹胸部新設了兩個散熱窗，使得驅動性能也得到了提升。駕駛艙區塊捨棄了舊式的T字型設計，使用類似聯邦軍的稜角區塊，內裝吉翁第二代標準型操縱系統。背包安裝3個新型的火箭引擎，其單個推進力達到了驚人的24500kg。

手臂組件幾乎都經過重新設計，手掌更換成統合整備計劃的標準樣式。這種手掌的指尖安裝了合成橡膠以增加摩擦力。前臂肘部裝多一層護甲，附帶的4枚短刺釘，增加了格鬥能力。左臂肩部球形裝甲也內裝兩個制動噴嘴。腳部單元沿襲了MS-06F2 扎古Ⅱ後期型的設計，將側面輔助推進引擎換裝為更大功率的樣式，小腿肚後方的引擎也加裝了整流板。腳掌前方加裝兩個抓趾，提高地面適應性。

該型機所使用的武器則為吉翁制式的MS用武裝，如MMP-80 Ver.8或更後期型的90mm機關炮，和作為扎古系列標配的電熱斧等武裝。

由於該型機的推進劑容量維持不變，但數量增加到12個的噴嘴和大推力引擎大幅增加了燃料消耗，這也使該型機的戰鬥時間比F型縮短了一半左右。

在駕駛過該型機的機師中最為人們所熟知的並不是那些王牌機師，而是“紅寶石行動”中，在不知對方身份的情況下與心上人搏殺，最後英勇犧牲的巴納德·瓦茲曼伍長。在0079年的聖誕節當天，巴納德駕駛該型機，利用種種詭雷以及捨身攻擊，最終使得聯邦軍最新銳的RX-78NT-1高達NT-1中破並無法交付軍隊。

另有資料顯示，大戰最後時期吉恩SIDE本土的首都防衛大隊“吉恩之盾”將其列為標準裝備，並且大部分機型都是B型頭部。可在0079年最後2日展開了武裝叛亂，一度造成了茲姆市的恐慌。而直到0096年，吉翁殘黨攻擊特林頓基地時，也有B型的該型機參展的身影。