動漫獎由文化部、財政部、教育部、科技部、工業和信息化部、商務部、稅務總局、工商總局、廣電總局、新聞出版總署共同主辦，扶持動漫產業發展部際聯席會議辦公室承辦，扶持動漫產業發展部際聯席會議召集人、成員及其辦公室成員分別擔任組委會主任、副主任和成員，組委會辦公室設在文化部，負責評選的日常工作。各地各部門可成立相應的評選工作機構，負責本地區本部門相關獎項的推薦評選工作。
首屆動漫獎是對“十一五”至今我國動漫產業發展成果的總結，將在本年度評選完成，由於時間緊、任務重、工作新，各地各部門應高度重視這項工作，並明確一名分管領導專門負責這項工作，做好宣傳動員並認真抓緊組織本地區本部門動漫創作者、企業及有關單位進行申報。各地各部門可對獲獎和入圍的單位和個人給予地方資金配套，並加強宣傳推廣力度。