院政時代

藤原賴徠通“攝政”三代天皇，把持朝綱五十二年之久。然而，他的女兒藤原嫄子雖然家為朱雀天皇（930-946年在位）的妃子，卻終身沒有生下可以繼承皇位的皇子。另一方面，一百七十多年來藤原氏攝關家的腐朽統治已經在社會上積蓄了普遍的不滿，仕途無門、長期受壓的中小莊園主們更是滿腔憤懣，渴望變革。

1068年，與藤原氏家族沒有血緣關係的后三條天皇，壯年即位，性格豪放，開始嘗試打破攝關家族對朝政的 壟斷。正所謂“非我族類，其心必異”。這位天皇在位只有四年，但卻為攝關政治畫上了句號，創造出日本政治的新篇章。

支撐攝關家權勢的經濟根基，在於遍布日本各地的私家莊園。私家莊園與攝關家族保持著經濟效忠於政治庇護的利益關係。而這種利益勾結，侵吞的正是天皇朝廷的財政基礎。因此，對財政根基的爭奪成了后三條天皇的改革入口。

1069年2月22日，后三條天皇頒布內容嚴厲的《延久莊園整理令》，設立類似於國土管理局的“記錄莊園券契所”；任命親信擔任稽查官員，嚴格審查各莊園領主、國司乃至攝關家的莊園文書，發現證書不全，便沒收莊園，即使是攝關家的莊園也不能豁免。此次整治收效明顯，不僅壯大了皇家的經濟基礎，還打擊了攝關家的權威。尊奉攝關家為“領家”的莊園主們看到天皇權威有恢復的趨勢，便隨風轉舵，紛紛與攝關家脫離關係，轉而把莊園“寄進”給天皇，換湯不換藥，等於是追捧天皇為自己的新“領家”。歸附天皇的中、小莊園主及其武士集團，成為天皇政權繼續改革的政治依靠。

1073年，后三條天皇去世后，白河天皇即位。1086年，為了徹底擺脫攝關家的控制，白河天皇讓位於年僅八歲的掘河天皇，自己以“上皇”的身份繼續掌管朝政。這次皇位禪讓，實際上是一種明修棧道、暗渡陳倉的政治手腕：針對攝關家的控制，天皇索性將計就計，讓出皇位帶走實權，使得攝關家的控制目標完全傀儡化。自己就“金蟬脫殼”，創新制度，獲得新的權力空間。

上皇的居所稱為“院”，上皇“執天下政”的時期，世稱“院政時代”。上皇的辦公機構成為院廳，院廳中的官員稱為“院司”，院司多有天皇的親信擔任，院廳發出的文書稱為“院廳下文”，上皇的指令稱為“院宣”。院廳還設置“北面武士”等機構，依靠以源氏和平氏為代表的新型武士集團為武力支柱。

院政時代持續了將近一百年，共經歷了白河上皇、鳥羽上皇和后白河上皇三代。三位上皇都具有強烈的專制性格，隨著上皇權勢的日漸強大，“院廳下文”和“院宣”也更具有權威性。攝關家雖然繼續把持攝政和關白之職，但是，由於中小莊園領主紛紛投靠上皇，使攝政、關白府第“門前冷落鞍馬稀”，日薄西山暮氣沉。

為了掃蕩攝關家的基層勢力，上皇又推廣“知行國”制度，把各個屬國及其稅收封賞給大貴族和武士首領。這些大貴族和武士首領於是派兒子或親戚前往封國擔任“國司”，與攝關家族的地方勢力分庭抗禮。

然而，前門拒狼，後門引虎。上皇對武士集團的過度依賴，又為武士干預政治提供了條件。十一世紀中葉，實力雄厚的武士首領源氏，就以“天下第一武勇之士”的身份出入朝廷。到十二世紀初，源氏家族中擔任重要官職的人數已經超過了藤原氏攝關家族。另一個強大的武士集團——平氏家族，也在朝廷中贏得了舉足輕重的地位。

政權動蕩、危機四伏之際，上皇的心思卻又飛向了佛教天國。連續三位上皇信奉佛教，都到寺院出家做了“法皇”。為了獲得更多的錢財修建大寺院，上皇常常任命有錢的貴族去擔任“知行國”的國司，朝廷中大興賣官鬻爵之風，吏治腐敗。而且，信佛的白河法皇禁止殺害一切生物，犯禁者殺無赦。漁夫和獵戶失去了謀生之路，漁獵供應斷絕，國人吃不到魚和肉，怨聲載道。

同時，上皇的近臣和攝關家之間、上皇與天皇之間、院廳與太政官之間的多重矛盾、利益衝突也不斷地發生。

1129年，鳥羽法皇讓位於兒子崇德天皇之後不久，又逼其讓位給弟弟后白河天皇。由此埋下了兩兄弟相互仇恨的種子，導致皇室內鬥、兄弟相殘。公元1156年，鳥羽上皇去世，身為兄長的崇德上皇與弟弟后白河天皇之間爆發了戰爭。結果，弟弟后白河天皇先發制人，打敗對方，將哥哥崇德上皇流放到贊岐（今香川縣），史稱“保元之亂”。

在“保元之亂”中立下戰功的源義朝，不滿受封官位低於平清盛，投靠藤原信賴。1159年，趁平氏離京城參拜神社之機，源氏與藤原聯手拘禁了上皇、天皇，引發“平治之亂”。

平清盛得知消息后，立刻率兵回京，殺死源義朝、藤原信賴。打倒源氏之後，平氏勢力急劇膨脹，確立了霸權地位。然而，源氏的故事並沒有就此終結，源義朝的兒子，十三歲的源賴朝，被流放到伊豆半島，為日後源氏的再度興起埋下了希望的種子。