兼性厭氧菌（facultative anaerobe）又稱兼嫌氣性微生物，兼嫌氣菌、兼性好氧菌。在有氧或無氧環境中均能生長繁殖的微生物。可在有氧（O2）或缺氧條件下，可通過不同的氧化方式獲得能量，兼有有氧呼吸和無氧發酵兩種功能。如酵母菌在有氧環境中進行有氧呼吸，徠在缺氧條件下發酵葡萄糖生成酒精和二氧化碳。
不論在有氧或無氧環境中都能生長，但以有氧時生長較好，無氧時僅維持生存。故在研究兼性厭氧菌時，可根據所需選擇通氧量以獲得相應結果。兼性厭氧菌在有氧的環境下進行有氧呼吸大量繁殖，在無氧的環境下進行
無氧呼吸一般不繁殖，所以若提高兼性厭氧菌的生長量應通入適量的氧氣。對人和動物致病的大多數病原菌屬於此，許多腸道細菌，如
大腸桿菌等也屬此類。
