Bootstrap

即自展值，是用來檢驗你所計算的進化樹分支可信度的。簡單地講就是把序列的位點都重排，重排后的序列再用相同的辦法構樹，如果原來樹的分枝在重排后構的樹中也出現了，就給這個分枝打上一分，如果沒出現就給0分，這樣經過你給定的repetitions次（至少1000次）重排構樹打分后，每個分枝就都得出分值，計算機會給你換算成bootstrap值。重排的序列有很多組合，值越小說明分枝的可信度越低，最好根據數據的情況選用不同的構樹方法和模型。