R-DNA

Zhurkin等在研究活體的基因重組時又提出了這種不同於Y·RY和R·RY型三螺旋的三鏈複合物。一般的基因重組是兩條染色體通過斷裂和連接機制來交換基因信息的。基因數據表明最初的相互作用可被看作是一種非對稱鏈的交換過程，此過程僅涉及到期三條鏈。

近年來的一些研究結果表明，在RecA核蛋白纖維內接合處有3條DNA鏈，從而形成三鏈複合體並作為同源重組的中間體，這種三鏈複合物被稱為R-DNA。第三條鏈定義為R鏈，和雙螺旋中的一條鏈（我們定義為W-鏈）相同且平行。在這種三螺旋中。其對應三鹼基體的第三條鏈上的鹼基位置靠近雙螺旋Watson-Crick鹼基對的二重軸；從而與另外兩個鹼基都發生相互作用。

（AT）：A、（GC）：G、（CG）：C、（TA）：T4種三螺旋的相應三鹼基體。在（AT）：A三鹼基體中，第三條鏈上的腺嘌呤鹼基（以深色表示）與雙螺旋上的A和T鹼基各有一個氫鍵形成，H…O和H…N的距離都在正常氫鍵鍵長範圍內。除了氫鍵作用外，在H2和N7之間的靜電相互作用對穩定三鹼基體也有一定的貢獻（圖中以斜杠表示靜電作用）。在三鹼基體（GC）：G中，第三個鹼基G與第二個鹼基形成兩個氫鍵，與第一個C形成一個氫鍵。三鹼基體（CG）：C、（TA）：T存在兩種C的不同位置，分別以（CG）：C和（CG）：C，（TA）：T（TA）：T表示。當三螺旋在水溶液中時，水分子也參與了三鹼基之間的相互作用（圖3-29e）。在（TA）：T三鹼基中，水分子作為媒介將第三個鹼基T的O4和第一個鹼基A的N7用氫鍵連接起來。同時Zhurkin等發現R-鏈上每一個鹼基的電荷分佈嚴格地與同源W-C鹼基對大溝上的鹼基電荷電性互補，因面提出了同源序列的相互識別可能是通過互補的靜電相互作用進行的，即含有靜電識別密碼。