MMLV

M-MLV的最適溫度為37℃，在更高溫度下，MMLV不穩定。但M-MLV可合成更長的產物，這一特點對引物延伸反應不適用，因引物延伸反應所得的產物一般較短，為100-500個核苷酸。

如果RNA非常複雜，含有二級結構等，AMV保溫溫度要高，反轉錄效果要比M-MLV好。而需要注意的是AMV和M-MLV在本身的聚合酶活性之外，都具有內源RNaseH活性。通常來說AMV要比M-MLV RNaseH的活性要高一些，而RNaseH活性同反轉錄酶的聚合酶活性相互競爭RNA模板與DNA引物或cDNA延伸鏈間形成的雜合鏈，並降解RNA：DNA複合物中的RNA鏈。被RNaseH活性所降解的RNA模板不能再作為合成cDNA的有效底物，降低了cDNA合成的產量和長度，這點來說AMV不如M-MLV效果好。而由於AMV來自禽源病毒，所以很多檢疫部門在進行禽流感等禽源病毒檢測的時候很喜歡用AMV來做RT實驗。