1951年以前，安溪未設專門衛生防疫機構，縣內衛生防疫工作由縣衛生院負責推行。1952年，縣衛生院配備專職防疫保健人員5人，組成防疫保健組。1956年11月，防疫保健組從縣衛生院分出，並充實人員，成立安溪縣防疫保健股。
安溪縣衛生防疫站
1957年4月，正式成立安溪縣防疫保健站。1958年，新建辦公樓1幢934平方米。1960年10月，因精簡機構，縣防疫站撤銷，1961年恢復。1972年6月，改稱安溪縣衛生防疫站，沿用至今。 1990年，內設行政、宣教、防疫、衛生、檢驗、地慢病、防癆等股室。全站佔地面積2400平方米，建築面積3435平方米。全站職工41人。