公共組織結構是指公共組織基本要素的組合方式和互動模式。科學、合理規範的組織結構是實現公共組織資源優化配置的關鍵。關於公共組織結構的劃分，可謂眾說紛紜、莫衷一是如在陳振明教授主編的《公共管理學》第二版)，作者將公共組織結構分為直線結構、職能結構、直線一職能結構、矩陣結構，以及縱向結構和橫向結構; 在張興傑教授主編的《行政管理學》，作者將行政組織結構區分為宏觀結構(包含橫向結構和縱向結構)、微觀結構。公共組織結構區分為縱向公共組織結構和橫向公共組織結構。
公共組織縱向結構，是指公共組織的縱向分層，即各級政府上下級之間、各級政府組成部門的上下級之間所存在領導與被領導關係的等級模式。縱向結構體現公共組織之間的命令服從關係、報告關係和隸屬關係。欲完善公共組織的縱向結構，有必要處理好管理層次和
管理幅度之間的關係。依照相關法規，當前我國公共組織縱向結構分為五級：一是中央人民政府，即
國務院；二是省、自治區、直轄市、
特別行政區; 三是自治州、設區的市(地區、盟); 四是縣、自治縣、不設區的市(旗、自治旗)、市轄區; 五是鄉、民族鄉、鎮。