南京大學電子商務系成立於2001年，下設電子商務專業實驗室，設有電子商務和管理信息系統的碩士方向及電子商務本科專業。全系現有在編教師11名，其中教授2名，副教授4名，講師5名，所有教師均具有博士學位。電子商務系系以教育部倡導的培養跨學科專業人才為宗旨，始終把培養經濟管理與信息技術相融合的寬口徑創新型電子商務應用人才作為根本目標，構築以實驗教學、理論教學和實踐教學為一體的高層次電子商務人才培養教學體系，旨在培養出具有紮實的經濟管理與現代商務理論與知識、能夠掌握電子商務運作基本原理並熟練運用信息技術從事電子商務領域的應用、管理和研究的高級複合型人才。
近3年來（2007.9-2010.9)，電子商務系教師共主持電子商務相關的
國家自然科學基金項目7項，教育部人文社科項目3項。與此同時，電子商務系還承擔大中型企業的管理諮詢和電子商務系統開發項目，出版了一批高水平的專著和教材，並於2005年獲得國家級優秀教學成果獎二等獎。為加強學生的國際化視野，電子商務系與香港城市大學諮詢管理系簽署了對等交換生計劃（每年互派3-5名學生到對方學習，除此之外本系學生還可參加其它
南京大學組織的交換生計劃）。
本專業在課程設置方面充分貫徹厚基礎、寬口徑的辦學思想，同時強化學習能力培養。在寬厚的經濟學、
管理學以及信息技術基礎知識的基礎上，設置的專業主幹課程有：電子商務原理、網際網路技術與網路安全、在線銀行與電子支付、電子商務物流管理、
網路營銷與CRM、電子化採購與B2B、
ERP原理與應用、網站設計與開發、
電子零售與消費者行為、電子商務系統開發與管理等。本專業畢業生能夠在IT、製造、貿易、物流、諮詢、
電信、銀行、
證券、教育等行業及政府機關從事電子商務應用模式的策劃與諮詢，電子商務業務的運營與管理、
電子商務系統的設計與開發、以及相關的科學研究等工作。