分子模擬方法在物理、化學及材料學科等領域常常被稱為“計算機實驗”，它已經成為和實驗科學、理論科學並列的自然科學的第三分支。
本書介紹了基本原理，包括
統計力學、Monte Carlo 模擬以及分子動力學模擬；然後介紹系綜，包含不同系綜的Monte Carlo 模擬以及不同系綜的分子動力學模擬；再介紹相平衡，包含自由能計算、無界面相共存以及固體的相平衡；最後介紹高等方法，包含約束、稀有事件、簇移動、複雜流體以及鏈狀分子的自由能。
本色適合作為研究生以及高年級本科生的教材，也可作為從事分子模擬研究的教師的參考書。