神佛分離為發生於明治元年（1868年）前後的一系列關於佛教的事件，該事件造成日本佛教的衰退。慶應四年三月二十八日，日本明治政府頒布了“神佛分離令”，以禁止天皇所遵從的神令與佛教混合。卻因誤解於引發“廢佛毀釋”運動，造成佛教空前的迫害浩劫，大量佛寺佛像被毀，僧侶被強制還俗。相反，神祇官職逐漸上升，並形成神道國教主義。而此前的日本佛教在此事件后，逐漸產生一群復興佛教以己任的僧侶。江戶年代亦有儒學昌盛的藩國施行神佛分離政策。
明治政府為了確立天皇的神威而採取的宗教政策。1868年（明治元年），政府基於政教一致的方針，為禁止神佛混淆而頒布《神佛判然之令》，命令講神佛佛具從神社裡撤出，將與神社有關的器物從寺院撤出，並命令原屬於神社的僧侶還俗。