孫元，生卒年不詳，陽平人。前燕兗州刺史，后降東晉桓溫，被前燕左衛將軍孟高所擒。
後趙末年，樂陵人朱禿、平原人杜能、清河人丁嬈、陽平人孫元各自擁兵，分別佔據了所在的城邑，到公元353年，他們全都向前
燕國請求投降。前燕國主慕容俊任命朱禿為青州刺史，杜能為平原太守，丁嬈為立節將軍，孫元為兗州刺史，各自都留下來鎮撫他們的營地。
公元369年秋季，七月，桓溫駐紮在
武陽，前燕過去的兗州刺史孫元率領他的親族同黨起兵響應桓溫，桓溫抵達枋頭。
公元369年九月，桓溫北伐前燕失敗，孫元乘機佔據了武陽以與前燕抵抗，前燕左衛將軍孟高討伐並擒獲了他。