約正統以後今青海海西州東部和海北州北部地區也隸於朵甘行都司。
朵甘行都指揮使司明代建制。元時曾在今西藏昌都東部、四川甘孜和
阿壩一帶設有
朵甘思。至明代,於太祖
洪武六年(1373年)設朵甘衛,次年升為朵甘行都指揮使司。此時,所轄範圍延伸延伸至今青海玉樹、
果洛和
黃南州部分地區。屬羈藦性質,無流官派守,但受西安行都指揮使司(駐
河州)兼轄,后隸
陝西都指揮使司。下轄有
朵甘思宣慰司、招討司6、萬戶府4、
千戶所17。約正統以後今青海海西州東部和海北州北部地區也隸於朵甘行都司。
正德后轄境日小,明末廢。