明嘉靖三十二年(1553年)進士及第，任行人，后提升監察御史，上奏章闡述“經國理民之策，南北用兵之宜”，內容深刻而切實。出巡
居庸關，能勤課武功，分明獎罰。劾撫臣某薦舉不公，及守備某因緣請託等弊端，促使邊境聞風肅然。不久，巡按雲南，
滇國公沐某，妻陳夫人慾襲養子，土官婦鳳氏與之爭立，勢將興兵交戰，孫用從中為其調解，分別作了處理，避免了一場戰爭。土酋阿堂興兵作亂，西南方面許多群臣百官被誣逮捕下獄，孫用明察冤情，奏請朝廷將他們開釋。孫用居官持正，風節凜然。后因觸犯顯貴的侍從宦官，被調出守荊州。履行新職，肅政安民，郡境安定，威信大著。晚年辭官歸故里，以老病終。墓在光臨里崎頭山。