天正伊賀之亂

第二年徠，天正七年（即1579年），織田信雄率領大約一萬人的隊伍，兵分兩路，從名張口和馬野口突入伊賀。伊賀方面做好了充分的準備，在百地三太夫的指揮下，伊賀的忍者軍團很聰明地避免與信雄的部隊正面交戰，而是揚長避短，採用拿手的忍者戰術，不斷地向織田軍發起襲擾。道路上，山林中，伊賀忍者神出鬼沒，僅僅一天，信雄便在山地戰中遭到了伊賀的迎頭痛擊，損失過半。

第一次伊賀忍者之亂，以伊賀忍者的全面勝利劃上了句號。

天正九年（1581年）前後，織田信長在搞定了石山本願寺之後，騰出手來，著手消滅伊賀。四月的時候，伊賀忍者中有人前來向信長投誠，攛掇信長發兵攻打伊賀。做了充分的準備之後，當年九月，對伊賀發起了正式進攻。在出發之前。信長就表明了目的：伊賀是鬼魅之國，把他燒光殺光。

織田大軍四萬多人，由織田信長親自領軍，率領丹羽長秀、瀧川一益、蒲生氏鄉、淺野長政等驍將，兵分五路進攻伊賀。織田信雄也率領了大約13000人參與。伊賀一國，面積大約三十六平方公里，人口約兩萬，總兵力不過四千。在這種情況下，伊賀似乎已經被逼上了絕路，只有死戰到底。伊賀國人不分男女老幼，不分僧侶忍者，全都與織田大軍展開了慘烈的搏殺。

伊賀忍者還是採用了拿手的忍者戰術，但織田信長對忍者的戰術早有所準備，並加強了戒備，再加上有伊賀叛徒的協助，加上巨大的兵力優勢，伊賀各地的忍者家族相繼戰敗，一個個堡壘先後失守，到處都有火焰在燃燒，到處都有殺戮在發生。忍者，百姓，僧侶，不分男女老幼，一個個倒在了血海之中，伊賀成為了一片焦土。

最後的戰鬥發生在柏原城。柏原城是上忍瀧野十郎吉政的居城，聚集了最後的兩千餘人。織田軍以三萬大軍包圍了這座小城。就在大家都認為第二天就能攻下這小城的時候，出人意料的是，伊賀忍者居然在上忍瀧野十郎吉政的帶領下，向織田信長投降了。更出人意料的是，織田信長居然爽快地接受了忍者的投降而沒有趕盡殺絕。原因為何，無從所知。

以柏原城的投降為標誌，第二次天正伊賀之亂以伊賀的慘敗告終。

終究，織田軍還是沒有把伊賀人趕盡殺絕，但伊賀畢竟還是受到了毀滅性的打擊，作為領導核心的“三上忍”，除了服部家早就離開伊賀，另外兩家中的百地三太夫戰死，藤林保豐不知去向。忍者的自治聯盟也被摧毀，大多數忍者不得不亡命他鄉。

天正十年（1582年），本能寺之變后，散落在各地的忍者紛紛投奔明智家，想要向織田復仇。但被寄予厚望的明智光秀沒過多久便被織田信長的部下豐臣秀吉和柴田勝家擊敗，在逃亡途中被山賊殺死。站錯隊的忍者們自然沒好果子吃，本來就沒有多少人，現在就更少了。