邏輯加密卡是在存儲器卡的基礎上，再增加一部分密碼控制邏輯單元。由於採用密碼控制邏輯來控制對EEPROM存儲器的訪問和改寫，因此它不像存儲器卡那樣可以被任意的複製和改寫。
邏輯加密卡的內部存儲空間，根據不同的應用需要，通常可分為以下四個功能區域：
a）製造商代碼區：此區域存儲不可更改的晶元製造商、
IC卡製造商及
IC卡發行商等代碼數據，該數據用於識別、跟蹤有關製造商信息及有關用戶的應用情況，為在管理上增強安全性提供了可能；
b）個人化區：這是與應用相關的區域，該區域中的相關數據控制著對該卡片的個人化過程，並對個人化操作提供安全保證，如使用次數限制、重複使用限制等；
c）
安全區：用以存放不可讀取的有關安全數據，如個人密碼等；
d）應用區：用以存儲有關應用數據信息。