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建立北京生命科學研究所是中國政府在發展生命科學技術領域的重要戰略之一。基本原則是：把握時機，以改革試點的方式，採用與國際接軌的管理和運行機制，以國際一流科學家集體為基礎，爭取在儘可能短的時間內組建國際一流的基礎生命科學研究所。北京生命科學研究所的主要任務是：進行原創性基礎研究，同時培養優秀科研人才，探索新的與國際接軌而又符合中國發展的科研運作機制。

對這一設想，中國領導人給予了充分肯定和支持，並為此做出重要批示。經過多方論證和調查，由科技部、發展改革委員會、教育部、衛生部、中國科學院、國家自然科學基金會、北京市政府、中國醫學科學院等8個部委為主體組成理事會，共同管理北京生命科學研究所的籌建和運行工作。北京市政府和國家科技部負責具體實施和提供主要的資金。每屆理事會任期3年。

研究所實行理事會領導下的所長負責制，理事會是研究所的決策機構。第一任科學指導委員會由理事會聘任國內外著名科學家，組成科學指導委員會。科學指導委員會是學術諮詢機構，其主要任務是對研究所所長進行聘任前的學術評估，提出推薦意見；對研究所的研究工作做出評估並提出建議。每屆科學指導委員會的任期為3年。

研究所所長的聘任實行國際公開招聘，理事會發布招聘公告，並由理事會聘請的科學指導委員會進行評估、推薦后，由理事會聘任。科技部批准所長任職資格。所長必須在生命科學領域有世界領先水平的科研成果，且有很高的學術造詣和國際聲譽。所長任期為5年，可以連任。2003年4月，理事會聘任美國得克薩斯大學西南醫學中心的生物化學和細胞生物學家、美國科學院院士王曉東博士，和耶魯大學植物分子生物學家鄧興旺博士為北京生命科學研究所共同所長。

實驗室和科研輔助中心構成研究所科學研究工作主體，其中實驗室為基本單位。實驗室主任引用國際公開招聘的制度，經過所長聘請的評選委員會進行嚴格評估篩選后，由研究所所長批准。實驗室主任聘任期為5年，實驗室主任的工作將由科學指導委員會根據其學術水平和科研成果進行評審，同時所長結合其研究工作、對研究所的綜合貢獻和未來發展的需要來決定其是否進入下一期聘任。輔助中心主任由研究所所長指派或聘任。

北京生命科學研究所英文名稱是“National Institute of Biological Sciences, Beijing（國家生命科學研究所，北京）”。

北京生命科學研究所位於北京市中關村生命科學園科學園路7號。