黃花崗站

本站共有四層，地面為南北兩個站廳，設有票務設施，客務中心，換乘通道及商店；以及先烈東路、中國科學院廣州分院及522其它建築，地下一、二層為設備區、地下三層為6號線B2站台。

本站為6號線首期六個文化站之一，在本站站廳層設有以“浩氣長存”為主題的文化藝術牆，主要內容為黃花崗七十二烈士墓園。

本站設有一個分離島式站台，位於先烈中路地底。

另外，本站北端設有一條存車線。當6號線東段發生故障時，往香雪方向列車會通過此渡線折返，以本站為臨時總站。屆時前往沙河頂至香雪沿途各站的乘客需要轉乘其它交通工具，前往3號線的乘客則需要通過其它線路換乘前往。

A 先烈中路

中科院廣州分院(科學院)

新隆銀翔路

B 地震局

公交；482

2007年，黃花崗站工程因選址附近居民懷疑該站選址“不合理、不科學”而停工。

2012年5月，沙河頂站所在的廣州地鐵6號線首期19座車站主體封頂，但黃花崗站仍在進行主體工程施工。

2013年12月28日，6號線首期開通試運營，車站啟用。

2013年12月29日，即本站啟用翌日，往長湴方向站台北端即疑因水管破裂，出現漏水，事件導致6號線部分往長湴列車在本站不停站通過，影響達數十分鐘。