離子阱
應用於藥物代謝分析的裝置
離子阱(Ion trap)，由一對環形電極(ring electrod)和兩個呈雙曲面形的端蓋電極(end cap electrode)組成。這種由一對環電極和兩個雙曲面端電極形成的離子阱稱為三維離子阱，離子聚焦的位置是在中心的一個點上，具有比較大的空間電荷效應，常規的三維離子阱的離子存儲數目為幾千個。為了避免空間電荷效應和簡化電極結構，後來人們使用四級桿的結構加入前後端蓋的方式開發出線型離子阱，線型離子阱的離子聚焦在一條線上面，與三維離子阱相比，增加了離子的存儲量，提高了儀器的靈敏度。線型離子阱有被稱為二維離子阱。
雙壓線性離子阱質
離子阱
但是如果我們能使Dt夠大，DE還是可以很小，換言之，想要量到更精準的譜線，測量時間必須拉長，因此必須設法局限住待測物體。於是離子阱因應而生，它的原理十分簡單：利用電荷與電磁場間的交互作用力來牽制帶電粒子的運動，以達到將其局限在某個小範圍內的目的。
離子阱基本原理
離子阱質譜可以很方便地進行多級質譜分析，對於物質結構的鑒定非常有用。在質譜的使用過程中，離子阱被認為做定性方面有較大優勢；而四極桿在定量方面有優勢。
離子阱在做多級MS方面有性能（非常容易就能做到3級以上的MS）和成本（只用一個阱就能做）上的優勢；而四極桿只能做到二級MS（三重四極桿儀器），且價格較貴。
原子(含電子,質子,中子)-內部結構模型圖
人們通常要把電極搭建成立體的籠狀結構，才能成功地捕獲並囚禁離子。這種立體離子陷阱難以相互連接起來，而真正實現量子運算需要許多量子比特協同工作。美國國家標準與技術研究所的專家利用現有的電子工業技術，製造出一種平面結構的離子陷阱，使得離子陷阱的製造規模很容易擴大。
美國研究人員成功地使金制棒狀電極平行排列在硅晶元的一個平面上，再利用照相平版印刷術將相關的電路蝕刻到這個平面上。研究人員說這樣就可以非常簡單地製作大量同樣的產品，眾多離子陷阱可以被串聯起來，形成量子晶元。
雖然他們已經成功地用平面離子陷阱捕捉了12個鎂離子，但這種離子不太適合用激光操作。用激光改變數子比特的狀態是進行量子運算的基礎，因此研究人員現在面臨的首要問題是，確保平面離子陷阱可以捕捉更適用於量子計算機的離子。在量子效應的作用下，量子比特可以同時處於0和1兩種相反的狀態，也就是不確定的“超態”。這種特性使量子計算機可以同時進行大量運算，比傳統計算機快得多。
離子阱一個重要的能力是做MS/MS或MSn。當在離子阱上作MS/MS時，有幾種方法可以激發離子，讓其碎裂。最有效的和被最廣泛地使用的是共振激發（resonance excitation）。在用於MS/MS時，使用加在端蓋電極上的ac電壓（註：ac電壓分兩種，一個高幅的ac電壓會導致共振逐出，一個低幅的ac電壓會引起共振激發）。共振激發的ac電壓一般幅度很小（1V左右），持續時間大概為幾十個毫秒。ac的頻率需和離子的運動頻率匹配；而離子的運動頻率和主要的trapping場的幅度和離子的m/z有關。
當離子的振動頻率與ac頻率相同時發生共振，離子從ac電壓上吸收能量，振幅加大，在一個理想的四極場中，如持續施加共振電壓，離子的振幅將隨時間線性增大。離子的動能隨振幅平方的增大而增大，因此離子會和中性氣體碰撞，使化學鍵斷裂，獲得MS/MS。設置比較好的參數，才能獲得充分的、信息量豐富的MS/MS。
最重要的一個參數就是Q，Q值正比於RF電壓的幅度，反比於m/z。從經典的穩定圖上看到，Q大於0.908時，離子會在不穩定的軌道上，不能被捕獲，即Q£0.908，離子才能被捕獲。當RF一定時，小於某一個m/z的離子就不會被捕獲。這個m/z的值被叫作低質量cut-off（LMCO）。
離子阱
離子阱分析器它是由環行電極和上、下兩個端蓋電極構成的三維四極場。將離子儲存在阱里，然後改變電場按不同質荷比將離子推出阱外進行檢測。
