Clustalx

CClustal X為進行多重序列和輪廓比對和分析結果提供一個整體的環境。

序列將顯示屏幕的窗口中。採用多色彩的模式可以在比對中加亮保守區的特徵。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統多重比對和輪廓比對需要的所有選項。

你可以剪切、粘貼序列以更改比對的順序；

你可以選擇序列子集進行比對；

你可以選擇比對的子排列(Sub-range)進行重新比對並可插入到原始比對中；

可執行比對質量分析，低分值片段或異常殘基將以高亮顯示。

Clustalx比對結果是構建系統發育樹的前提

載入序列―>編輯序列―>設置參數―>完全比對―>比對結果

1)Clustalx比對生成的結果可讀性不是太好，一般需要專業的序列著色軟體處理，如Boxshade、ESPript，這兩個工具都是在線進行，其中Boxshade圖解教程詳見本Blog日誌。

Boxshade在線網址：http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html

ESPript在線網址：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

2)轉換ALN文件，進一步構建系統發育樹，轉換格式依不同軟體而有所不同，如在PHYLIP分析前需要將ALN格式轉換為PHY格式方可...

1)dnd是嚮導樹文件，可以用TreeViews軟體查看樹圖。注意：嚮導樹不是系統發育樹，兩者區別敬請關注近期－系統發育分析專題。

2)多重比對文件推薦要求為規範的FASTA格式，文件擴展名不限，格式大致如下：

引用:

>RGDV_BAA02676

MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN

>RGDV_ABC75537

MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFCHLWVIMSFIAVFGRYYTVN

>RGDV_AAO64253

MSRQAWIETSALIERISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN