機動戰艦黑暗王子

地球和木連結盟后，宇宙總算恢復和平。天河明人和御統百合香終於結婚了，但是在新婚旅行中，他們因乘坐的飛機失事爆炸而遇難。然後，三年過去了。

星野 琉璃(Hoshino Ruri　ホシノ　ルリ)

16歲，“Nadesico B”艦長，階級少佐（相當於少校）。自從與木連的戰爭結束后，她便和明人、百合香一起生活，但幸福是短暫的……劇場版故事開始時已16歲，是聯合宇宙軍史上最年輕少佐，並成為戰艦“Nadesico B”艦長。和以前相比面容顯得稍為寬容，而且開始浮現出一般人的喜怒哀樂表情了。心裡依然懷念以前 Nadesico 的一切，尤其是“他”……故事開始時，她被宇宙軍任命，往殖民星“天照”追查和“葫蘆計劃”有關的研究地神秘遇襲的事。當時的琉璃，已以“電子妖精”、“史上最年輕美少女艦長”等名號而聞名於世。

天河 明人(Tengawa Akito　テンガワ　アキト)

23歲。木連之戰結束后不久便和百合香結婚，但在新婚旅行中遭遇太空船意外而宣告死亡，但其實是被一個叫“火星的後繼者”的神秘組織所俘虜，而成為他們的實驗體，弄至味覺等多種感官幾近全失，最後被尼路加秘密行動組救出。作為百合香的“王子”，在劇場版中，他卻披上黑衣，成為一個面容冷漠，從地獄深淵而來的復仇鬼，這便是標題 "the prince of darkness" 的由來。

御統 百合香(Misumaru Yurika　ミスマル　ユリカ)

25歲，階級大佐（相當於上校）。和明人的新婚旅行事故中同樣宣告死亡，但其實亦是被“火星的後繼者”所擒，后以最新技術把她和遺跡結合在一起，充當“人型翻譯機”，把玻色子跳躍的影象傳入遺跡中心。不像明人，今次的實驗成功了，而她的腦和感官均安然無恙。

馬奇比。哈利(玻璃)(Makibi Hari　マキビ　ハリ)

11歲。"Nadesico B" 的副艦長補助，階級少尉。和琉璃一樣同是自小接受遺傳子操作而擁有 IFS 操作能力的人，不過和琉璃不同，由於他是被寄養在普通家庭成長，所以他比較明朗、和普通小孩無大分別，而且感情豐富；他對琉璃有一種像面對姊姊般的仰慕之情，但對花花公子高杉的行為卻顯不滿。

高杉 三郎太(Takasugi Saburouta　タカスギ　サブロウタ)

25歲。"Nadesico B" 的副艦長，階級上尉，是原木連將校，地球和木連和平交好后加入了連合軍。外表看上去是個嬉皮笑臉、玩世不恭的花花公子，但卻是個可靠的副艦長和技術不凡的艾斯特巴利斯駕駛員。在琉璃未回到宇宙軍前已被派做她的保鏢，而一直到現在對琉璃仍像守護公主的騎士般忠心不二。

草壁 春樹(Kusakabe Haruki　クサカベ　ハルキ)

原木連軍司令，對心目中的正義極為固執不移的極端激進份子。當年為阻止木連和地球議和而設計暗殺白鳥九十九，在戰爭結束后另起爐灶，自命為當年火星先進種族的真正繼承者，佔據了極冠遺跡。不過他本身卻非罪大惡極之徒，他奪取遺跡是因不想世間因使用玻色子跳躍而發生混亂，想建立一個新秩序，可惜因過於把自己信奉的正義放於一切之上，因而造成今次災禍。

北辰(Hokushin　ホクシン)

草壁直屬暗殺部隊隊長，左眼是義眼，和其部屬六人負責執行“火星的後繼者”要執行的俘虜、刺殺等行動。他不像草壁，心中並沒有甚麼正義與否的想法，喜歡從殺戮中得到快感，是個極為兇狠和冷酷無情的危險人物。

拉比斯 萊芝莉(Rapisu Razuri　ラピス　ラズリ)

和琉璃類似、尼路加又一個用遺傳子操作培肓的 IFS 操控少女。在年前被“火星的後繼者”虜去成為實驗品而成為蒼白無表情面貌，現和明人一起行動，支援著失去感覺的明人，並是戰艦“休查利斯”的駕駛者。

葵 純(Aoi Jun　アオイ　ジュン)

連合宇宙軍戰艦“阿馬莉莉斯”艦長，階級中佐（相當於中校），是首次目擊黑色機器人的人之一。對女孩子依然十分沒有辦法。

昂 涼子(Subaru Ryoko　スバル　リョウコ)

23歲。現已成為統合軍的教官和艾斯特巴利斯隊“獅子之大鐮”的隊長，性格依然火爆，但在戰略、戰術方面有很高的洞察力。

天野 光(Amano Hikaru　アマノ　ヒカル)

23歲。和涼子、泉同為以前 Nadesico 艾斯特巴利斯隊駕駛員，戰後成為了人氣漫畫家，在少年志連載熱血校園漫畫，卻常受被催稿之苦...

真木 泉(Maki Izumi　マキ　イズミ)

23歲。戰後於世界各地流浪了一年，后受雇於酒吧“花目子”而成為媽媽桑，行為依然怪異，唱著奇怪的歌曲。酒吧中貼著不少當年Nadesico上的照片，顯示仍懷念那時的生活。

遙 湊(Haruka Minato　ハルカ　ミナト)

回歸平民生活后成為了數學教師，溫柔而對小孩子有愛心。和白鳥雪奈一起生活，和琉璃間保持有書信聯絡。在看到身負重任的琉璃後下定決心加入特別部隊。

伊涅斯 弗雷珊久(Ines Furesanju　イネス　フレサンジュ)

33歲。在天河夫婦逝世事件后也宣告死亡，其實只是偽裝，以防成為“火星的後繼者”的目標。目前正秘密地以“A級跳躍者”身份而活躍於玻色子跳躍的領航員工作。

Prospector(プロスペックタ)

現屬尼路加重工的會長室秘書組，主要負責情報收集工作。后被任命出山幫助琉璃重召舊戰友，協力成立獨立部隊"Nadesico C"。他本人說 "Prospector" 只是他的筆名，其真名依然是個謎。

歌特 荷里(Goat Hory　ゴート　ホリー)

現屬尼路加重工的秘密行動組，負責諜報和秘密工作。加入協助新 "Nadesico C"戰艦和狙擊“北辰暗殺部隊”等任務。雖外表粗魯，內里卻意外得細心。

白鳥 雪奈(Shiratori Yukina　シラトリ　ユキナ)

16歲。原木連英雄白鳥九十九之妹，現在地球和遙同住，是個可愛而活潑、大膽的女高中生。后加入撫子C中，在遙之側擔任通信士。雖對純有好感，但仍未發展至愛情關係。

惠 麗奈特(Megumi Reinard　メグミ　レイナード)

22歲。原Nadesico 通信員，戰後回歸聲優本業，也參與歌手、電台DJ工作，因其曾參與蜥蜴戰爭的特殊背景，令她成為大人氣的新偶像。

保美(Houmay　ホウ　メイー)

以前Nadesico的飯堂主人，現在經營小餐館“日日平穩”。順帶一提，以前她手下的“保美少女組”(Houmay Girls) 在惠的提拔下現已成為新晉歌手組合，並主唱“葫蘆計劃”的宣傳歌曲。

瓜畑 星矢(Uribatake Seiya　ウリバタケ　セイヤ)

現在回復到平常的修理工生活，妻子已懷了第三胎，但他最近卻不知去向....

明月 永(赤月 流)(Akatsuki Nagare　アカツキ　ナガレ)

尼路加重工會長，當年曾陰謀解散 Nadesico，戰後曾一度失蹤，實質在幕後進行開發黑百合、與及對敵對勢力進行查探工作。今次他又會是敵是友？

艾莉娜(Erina Kinzouwong　エリナ　キンゾウウォン)

尼路加重工會長秘書，戰後代替退隱的明月在幕前工作，受命幫助明人，並曾在明人最消沉時期加以安慰，二人似乎有超友誼關係。

月臣 元一郎(Tsukiomi Genichirou　ツキオミ　ゲンイチロウ)

原木連將校，當年在火星一役中被明人的說話所感動，現已成為尼路加的秘密行動組一份子，精通木星柔道術已達化境。

御統 光一郎(Misumaru Kouichirou　ミスマル　コウイチロウ)

百合香之父，連合宇宙軍總司令，因要奪還遺跡而成立獨立部隊。

宗竹　義貞(Munetake Yosisada　ムネタケ　ヨシサダ)

連合宇宙軍參謀長，任命 Nadesico B 調查殖民地被攻擊事件。他乃是TV版中陣亡的宗竹的父親。

秋山 源八郎(Akiyama Genhachirou　アキヤマ　ゲンハチロウ)

原是草壁屬下的木連將校，在火星一役后投入連合宇宙軍，成為木連和地球間的友好大使，為人沉著和冷靜。

東(Azuma　アズマ)

統合軍准將，在葫蘆計劃中負責終端殖民地“天照”的防衛工作，是個自大固紈的大叔。

山崎 良雄(Yamasaki Yoshio　ヤマサキ　ヨシオ)

殖民地“天照”開發團之副官，真正身份卻是火星的後繼者中負責研究玻色子跳躍的科學家之一，後來提議用輸入少女漫畫內容的方法以平復百合香的“暴走”問題。

新蔵 有友 (Shinzou Aritomo　シンゾウ　アリトモ)

統合軍中佐，真正身份卻是火星的後繼者的一員，是草壁的得力副手。

一人一戰艦計劃(One-man operation system)

元祖撫子號時代的戰艦，要維持整艘艦的運作必須有一大班人操控艦上每一部份，不過尼路加重工開發的“一人一戰艦計劃”就把系統強化至只須一人便可完善地操作整艘艦！撫子B便是一艘為測試這個系統而建的戰艦，而跟著的休查利斯和撫子C便可說是此計劃的完成品。

宇宙軍和統合軍

大家分得清楚嗎？“地球連合宇宙軍”(United Earth Spacy)便是活躍於蜥蜴戰爭時代的地球軍隊，而戰後新地球連合成立，並和木連同組成“地球連合統合平和維持軍”(Joint Peace Keeping Force, JF)，簡稱統合軍。在那之後原宇宙軍的規模不斷縮小和漸被統合軍吸收，雙方互有點敵視對方。故事中琉璃等是屬宇宙軍，而涼子則是屬統合軍。

思兼(Omoikane)

原屬撫子號的主電腦，有著自我意識的感情迴路，和琉璃是摯友。后被移殖至撫子B和撫子C上。

日本宇宙航空(Japan All Space Line, JASL)

獨立撫子號部隊成員飛向月球時所乘的太空梭的提供者，名字方面是改自現實世界中的日本航空公司(JAL)。

玻色子跳躍的危機

由於玻色子跳躍有時空轉移的力量，所以目前仍是不向大眾公開的秘密，如日後實用化后，將可能有人回到過去而造成改變過往歷史，為全人類的政治、社會、生活帶來難以估計的影響。熱血的正義漢草壁感到此一危機，因而想把這技術獨佔手上，由自己來管理，這就是“火星的後繼者”的根本目標。

葫蘆計畫(Hisago Plan)

簡單來說就是在太陽系內建立玻色子跳躍航線的計劃，完成後艦隻可快速穿梭太陽系各處。具體進行方法是在太陽系各地建造30個大型Terminal Colony(殖民星站)和無數小型殖民星站，各站中以鬱金香為中心部份，並建立站與站間的航線，而目前宇宙間共有四條大航線，分別為“第一螺旋”至“第四螺旋”。

夢之星之旅

這是葫蘆計劃的宣傳口號。在右面那張宣傳海報中的五個女孩便是由惠介紹加入娛樂圈的保美少女組(Houmei Girls)。她們是這個運動的宣傳女星，並主唱宣傳歌“向你處 star jump!”

明人的食譜

明人交到琉璃手上的烹調法正是他出名的東京醬油風拉麵烹調法，當年他憑此一拉麵得到光一郎允許他和百合香的婚事。

面紅

在今次故事中琉璃有兩次出現面紅情形，一次是當被稱呼為“電子妖精”時，另一次則是當伊莉斯向她解說玻色子跳躍時。后一次的面紅應該是因為背後明人和百合香接吻的畫像。

白雪公主

殖民星天照中，遺跡之前的那道閘門的開啟密碼是 "SNOW WHITE"(白雪公主)，這是暗指在內的百合香就像昏睡中的白雪公主般在等著王子來救。

鑰匙扣

白鳥雪奈所用的鎖匙扣是Gekiganga3，討厭此套動畫的她用此鎖匙扣是代表她對亡兄的懷念。

實際年齡

琉璃在劇場版中的官方年齡是16歲，可是因為撫子號曾在TV版第8話時跳往八個月後的時間，故此其實目前琉璃肉體上的實際年齡只是15歲。

視窗的文字

電影中不時出現的各種視窗，而視窗中的文字都用了不同字體，其中Nadesico B和C用的是POP體，統合軍用的是極太明朝體。

天然荔枝

遊戲機中心中光和涼子所玩的格鬥game的女主角，同時她也是人氣動畫“魔女公主天然荔枝”的女主角。惠也曾在此動畫中為一敵方角色配音。另外，天然荔枝的說話是由涼子的聲優橫山智佐配音，她以前也曾為魔法少女可愛砂美配音。

幻之副題

在企劃之初本劇場版除了 "The prince of darkness" 外其實還有另一副題：“機動戰艦NADESICO-為了最喜歡的你”（日語：機動戰艦ナデシコ- 大好きな 君だから）。不過因為此一愛情性的副題對故事中的嚴苛情節並不配合，所以最後沒被採用。