藏巴汗王朝

原本擔任仁蚌巴手下官員的辛廈巴才丹多傑起兵造反，先後佔據了香、八囊倫珠孜、帕日等宗管轄的地域。一年以後，辛廈巴的勢力範圍幾乎囊括了整個西藏，他因此自稱為“藏巴加波”(“藏”即今日喀則一帶；“加波”則是國王的意思 )。這也是西藏歷史上“藏巴政權”的開端，首都在三竹節（今日喀則）

辛廈巴的第四任後繼者彭措南嘉攻滅了也是位於西藏的阿里王國，並將四周的各個小國予以佔領。在宗教信仰上，彭措南嘉崇信西藏佛教中的噶舉派，曾經兩次因為宗教糾紛而出兵攻打不丹，給噶舉四大支中的噶瑪巴封上“衛藏之主”的印信，但卻仇視新興的格魯派。1617年，喀爾喀蒙古衛地信仰格魯派的信徒，曾經組成聯軍企圖攻打藏巴國王。次年，噶瑪巴派了萬餘人前來救援，打敗了由色拉寺僧兵與其他格魯派施主所組成的聯軍，佔領色拉寺和哲蚌寺，殺死幾百名僧俗人，其餘的格魯派僧侶只好被迫逃亡北方。

格魯派軍隊與由五世達賴喇嘛的管家所引來的蒙古軍隊一同聯合作戰，而在拉薩附近一舉擊敗了藏巴國王的軍隊。藏巴國王的軍隊退守藥王山，後來經由班禪仁波齊的從中調解，藏巴國王才允許哲蚌寺和色拉寺的僧人返回寺院，同時改正被強制改信噶舉派的各個格魯派寺院。然而，藏巴國王並不甘心，此後仍基本上繼續執行仇視格魯派的政策。在這種情況下，格魯派不甘坐以待斃，遂於1642年派人從新疆引來蒙古軍隊攻滅了藏巴王朝，殺死了最後一代國王噶瑪丹均，建立了噶登頗章政權。