北京核磁共振中心定位於應用基礎研究，將主要開展有關生物大分子的溶液結構與功能關係、生物大分子之間及其與小分子相互作用，生物大分子的主鏈和側鏈的動力學性質，以及結構基因組學方面的研究，併兼顧其具有發展前景的研究和新的實驗技術的研究。
北京核磁共振中心是由國家科技部、
教育部、
中國科學院和總後衛生部共同投資，依託於
北京大學建立的國家公用大型儀器設備開放實驗室。1999年10月11日，四方簽訂了共建協議，開始籌備工作。2002年11月4日，經科技部、教育部批准正式成立。中心目前擁有三台液相
核磁共振譜儀，其中有我國首台高場高解析度800MHz核磁共振譜儀，另有600MHz核磁共振譜儀和配有高靈敏度低溫探頭的500MHz核磁共振譜儀。同時，中心還擁有解析生物大分子結構的專用計算機及相關軟體，以及進行生物樣品製備和
同位素標記的
生物學實驗室及相應配套的儀器設備。