新疆農墾科學院棉花研究所以應用研究為主，主要開展棉花育種、良繁、栽培、植保、計算機應用、技術諮詢服務、技術培訓和科技開發等工作。承擔了國家、自治區、兵團多項科研項目的研究工作。建所以來，先後有25項成果獲國家部委、自治區及兵團各級科技進步獎；培養碩士生10人，博士生2人；出版專著三部，發表論文150餘篇；審定各類棉花新品種8個。科技服務、扶貧工作遍布南北疆各師局10餘個農牧團場，開展常規技術和新技術相結合的全方位服務。
疆農墾科學院棉花研究所是兵團直屬的棉花專業研究單位，1996年10月成立。現有專業技術人員30人，其中高級職稱7人，中、初級職稱15人，具有碩士以上學歷人員15人。學科包括
農學、
生物技術、植保、計算機應用等專業。
下設抗病育種研究室、綜合育種研究室、轉基因棉育種研究室、植保栽培研究室和生物技術實驗室、生理生化實驗室、纖維檢驗室、種子質量檢驗室、良種棉加工廠及新疆農墾科學院新墾棉業科技開發部。現有科研及辦公用房800平方米，實驗室966平方米，種子庫、曬場等5000平方米。擁有軋花、脫絨、選種等棉種加工全套設備、試驗及良繁基地120公頃。