先以納捐歷任江蘇嘉定知縣等職，后署
松江知府、
蘇松太道、江蘇布政使等。曾與
怡和洋行買辦、候補道楊坊等聯合英、法、美等國鎮壓劉麗川小刀會起義軍。咸豐八年（1858）任上海道台。第二年
太平軍攻上海，與
楊坊招納美國水手華爾，組織
洋槍隊同太平軍作戰。咸豐十二年（1862）1月太平軍再度進攻上海時，迎
李鴻章所部
淮軍來滬阻擊太平軍，供給軍需。不久以貪污公款、中飽私囊被參革職。
家有“清來堂”藏書樓，廣儲圖籍，不下5000種古籍，稱為“萃四部之
菁華”，如收藏有
朱文公手注《
論語》中的《顏淵》1卷，被其認為是“鎮庫之寶”。編纂《清來堂書目》，分為四庫著錄、四庫存目和未著錄諸項。藏書在去世后，被
張均衡收藏，張均衡在《適園藏書志》中著錄有《清來堂書目》。喜刊刻圖書，
同治七年（1868）刻
龔自珍《
定庵文集》3卷、《續集》4卷，此刻本收錄了龔自珍大部分學術著作、政論、散文、詩、詞，流傳廣遠。後人輯有《吳煦檔案》，其中記載了大量關於
太平天國的史料。1953年在杭州發現其所藏檔案9箱，被浙江文管會接收。