甘肅蓮花山國家級自然保護區管理局為正縣級事業單位,隸屬於甘肅省林業廳領導。1983年9月省政府批准成立甘肅省蓮花山風景林自然保護區管理局,2005年更為甘肅蓮花山國家級自然保護區管理局。
2002年12月,被
國家林業局授予“全國自然保護區先進集體”;2006年10月,被確定為全國51家林業系統示範保護區建設單位之一;2008年被國家林業局確定為全國首批“森林景觀與生態文化資源保護”項目實施單位;2008年12月被省委、省政府命名為甘肅省第九批精神文明建設先進單位;2010年5月,經中國人與生物圈國家委員會批准,成為中國人與生物圈保護區網路成員單位。
甘肅蓮花山國家級自然保護區管理局主要職能是認真貫徹執行國家關於自然保護區的方針政策和規定;積極開展造林、
育林;保護、恢復和發展
森林資源;合理利用和研究野生動植物資源。據有關資料顯示,該局內設機構為辦公室、組織人事科、計劃財務科(加掛
項目管理辦公室牌子)、科研所、資源管理科(加掛
森林病蟲害防治檢疫站牌子)、森林公安局、護林防火辦公室。下設上東山管理站、唐坊灘管理站、磨溝管理站、八度管理站。有處級幹部5名,編製90名,實有職工90人。