次級代謝產物是指微生物生長到一定階段才產生的化學結構十分複雜、對該微生物無明顯生理功能，或並非是微生物生長和繁殖所必需的物質，如抗生素。毒素、激素、色素等。不同種類的微生物所產生的次級代謝產物不相同，它們可能積累在細胞內，也可能排到外環境中。其中，抗生素是一類具有特異性抑菌和殺菌作用的有機化合物，種類很多，常用的有鏈黴素、青霉素、紅黴素和四環素等
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