次級代謝（secondary metabolism），與初級代謝（primary metabolism）相對。
初級代謝為許多生物都具有的生物化學反應，例如能量代謝及氨基酸、蛋白質、核酸的合成等。
次級代謝為只在一定範圍內進行的，生物的特異的代謝。
在次級代謝的產物中，對維持生命佔有重要地位的並不少，但另一方面，各種動植物和
微生物所大量積累的生物鹼、
類萜（terpenoid）、
酚類、抗菌物質、色素等，其生理意義並不完全清楚。
次級代謝產物許多是在
胚胎髮育的特定時期以及其他特定組織中產生的，所以產物在經濟效益上以及對生物體性狀表現的調節在研究上都被看成是重要的。
次級代謝是在一定的生長時期（一般是穩定生長期），微生物以初級代謝產物為前體合成的對微生物本身的生命活動沒有明確功能的物質的過程。