Z99次

1997年5月19日，K99次列車從上海站發出，成為了第一列上海至九龍的直通旅客列車，同時也是長三角地區僅有的一趟進港列車，全程1991公里，運行時間30小時。2003年，K99次取消了杭州東、衡陽、郴州、韶關等停站和辦理客運業務，運行時間縮短到了25小時。

2007年4月18日，全國鐵路實行第六次大提速，滬港列車也列入了提速“大名單”中，列車等級由“K”（快速）改為“T”（特快），行車單程時間由25小時縮短至19小時54分。2014年12月10日，T99次改列車等級為直達特快，車次改為Z99次，列車運行時間縮短到19小時16分。

20年前，旅客在上海上車之後，還需要在東莞常平車站，將行李扛下車辦理通關手續，而在2003年1月，滬港列車進入了第一個轉折點，海關、邊檢等部門在上海站設立了臨時海關和邊檢口岸，旅客在上海站即可辦理出入境手續。2013年4月，上海站鐵路口岸正式通過國家驗收。

隨著廣深港高鐵的開通，如今，根據全國人大批准的《內地與香港特別行政區關於在廣深港高鐵西九龍站設立口岸實施“一地兩檢”的合作安排》，旅客只需在香港西九龍車站採用“一地兩檢”方式辦理出入境，完成內地、香港兩個關口的出入境通關手續，出入境時間大大節省。

截至2017年，滬港列車安全運行69萬公里，運送旅客逾172萬人次。此外，Z99次直達特快列車，將依然延續隔日開行模式，為旅客提供多元化出行選擇。

滬九直通車由中國鐵路上海局集團有限公司上海機務段使用和諧1D型電力機車擔當上海至株洲間機車交路，上海司機與鷹潭司機在鷹潭站輪乘；株洲至廣州東由中國鐵路廣州局集團有限公司廣州機務段使用韶山8型電力機車或韶山9型電力機車擔當；廣州東至香港紅磡由廣州機務段的韶山8型電力機車擔當。株洲至香港紅磡由廣州機務段機車乘務員值乘，列車在港鐵東鐵線境內由港鐵監察員帶道。

滬九直通車使用配屬中國鐵路上海局集團有限公司上海車輛段的中國鐵路25T型客車，採取19節車廂編組，設有高級軟卧車、軟卧車、硬卧車、硬座車，另有餐車及行李車。而進入香港的Z99/100次（直通車段）列車共有10節車廂（1—10號車廂），其中硬卧車5輛、軟卧車2輛、高級軟卧車、餐車及行李車各1輛[26-27]；而後面的9節車廂（11—19號車廂）為上海－廣州東的Z99/100次（內地段），其中硬卧車5輛、硬座車3輛、軟卧車1輛，會在廣州東站與進港的10節車廂解編（下行）或加掛（上行），進港車廂與內地段車廂不允許互通。此外，列車在抵達株洲站後會有一次換向。