疏水區

蛋白質多肽鏈上一段由大量疏水性氨基酸組成的氨基酸序列（如纈氨酸、亮氨酸等），該區段被稱為疏水區。疏水性是指一個分子（疏水物）與水互相排斥的物理性質。由於氨基酸側鏈的非極性，沒有可以解離的基團，與水互斥而疏水。

疏水鍵不是真正的化學鍵，但它能形成疏水性內核穩定蛋白質高級結構。蛋白質分子中氨基酸的疏水側鏈由於疏水效應而被水驅入蛋白質分子內部聚集成簇，帶動肽鏈盤曲摺疊，對蛋白質三、四級結構的形成和穩定起重要作用。

跨膜蛋白多肽鏈上的疏水區可以形成跨膜區。細胞膜是磷脂雙分子層，兩層磷脂分子的親水端朝向外側，與細胞質和細胞外液接觸，疏水端尾則朝向內側。跨膜蛋白質通過其疏水區而鑲嵌於細胞膜磷脂雙分子層的疏水內部，實現跨膜。

蛋白質跨膜區預測：通過分析氨基酸序列的親/疏水性，從而預測蛋白質的跨膜區，對預測蛋白是否為膜蛋白有重要意義，並據此開發了很多生物信息學軟體。