財政差額撥款指我們國家現在的管理體制中，劃分出行政、事業單位、企業等幾大塊，國家機關的經費由國家財政預算撥款，即國家機關的所有經費全部由國家財政全額撥款。財政差額撥款根據事業單位的性質分為全額撥款、差額撥款、自收自支三種類型。
而事業單位又根據事業單位的性質分為全額撥款、差額撥款、自收自支三種類型。一部分非營利性機構（如
醫療衛生機構）屬於差額撥款類型，差額撥款單位的人員費用由國家財政撥款，其他費用自籌。這些單位的人員工資構成中固定部分為60%，非固定部分為40%。按照國家有關規定，差額撥款單位要根據經費自主程度，實行工資總額包干或其他符合自身特點的管理辦法，促使其逐步減少國家財政撥款，向經費自收自支過渡。隨著我國
政治體制和
經濟體制改革開放的深入發展，一些事業單位的經費已經開始逐步向實行自收自支過渡。而那些有產品和創收能力的事業單位國家財政則不撥款，採取自收自支的財政管理形式。
