紅血細胞內期

在幾小時內環狀體增大，細胞質變得活躍，像變形蟲一樣向各方面伸出偽足，稱阿米巴樣體或大滋養體。此時瘧原蟲攝取紅血細胞內的血紅蛋白為養料，其不能利用的分解產物（正鐵血紅素）成為色素顆粒，積於細胞質內，稱為瘧色素（在肝細胞中的瘧原蟲無瘧色素）。成熟的滋養體幾乎佔滿了紅血細胞，由此再進一步發育形成裂殖體，裂殖體成熟后，形成很多個裂殖子，紅血細胞破裂，裂殖子散到血漿中，又各自侵入其他的紅血細胞，重複進行裂體生殖。

這個周期所需要的時間在各種瘧原蟲不同，間日瘧需48小時（三日瘧需72小時，惡性瘧需36～48小時）。這也是瘧疾發作所需間隔的時間，即裂殖子進入紅血細胞在其中發育的時間裡瘧疾不發作。當新形成的裂殖子從紅血細胞出來時，由於大量的紅血細胞被破壞，同時裂植子及其代謝產物也放出來、於是引起病人生理上一系列變化，以致表現出發冷發熱等癥狀。

這些裂子經過幾次裂體生殖周期以後，或機體內環境對瘧原蟲不利時，有一些裂殖子進入紅血細胞后，不再發育成裂殖體，而發育成大、小配子母細胞。在間日瘧大配於母細胞（雌）較大，有時較正常紅血細胞可大一倍，核偏在蟲體的一邊，較緻密，瘧色素也較粗大。小配子母細胞（雄）較小，核在蟲體的中部，較疏鬆，瘧色素較細小（惡性瘧的配子母細胞形狀如臘腸，雌的兩端稍尖，核較緻密，雄的兩端鈍回，核較疏鬆）.這些配子母細胞在人體內如不被接蚊吸去，不能繼續發育。在血液中可能生存30～60天。