1999年之前，進行進出口貿易活動時，外貿企業在向海關申報前，首先要申請商品檢驗、動植物檢疫和衛生檢疫，俗稱"一關三檢"。 1999年，全國各地的進出口商品檢驗局、動植物檢疫局、衛生檢疫局陸續合併，成立各地“出入境檢驗檢疫局”,全名是“中華人民共和國XX出入境檢驗檢疫局”。在國家層面，組建了“國家出入境檢驗檢疫局”，垂直管理各地的出入境檢驗檢疫局，內地31個省級的檢驗檢疫局和深圳、珠海、廈門、寧波共35個局被稱作“直屬檢驗檢疫局”，其下隸屬的分佈在各地各口岸的出入境檢驗檢疫局或辦事處被稱作“檢驗檢疫分支機構”。
2001年，原“國家出入境檢驗檢疫局”和原“國家質量技術監督總局”合併組建“
國家質量監督檢驗檢疫總局”，簡稱“
國家質檢總局”，為國務院直屬機構，主管全國質量、計量、出入境商品檢驗、
出入境衛生檢疫、
出入境動植物檢疫、進出口食品安全和認證認可、標準化等工作，并行使行政執法職能。國家質檢總局對省（自治區、直轄市）
質量技術監督機構實行業務領導，對出入境檢驗檢疫機構實施垂直管理。現在已不存在"一關三檢"這種說法，一般的國際機場、陸路口岸、海港口岸有所謂的“一關兩檢”，指的是海關、
邊防檢查站、檢驗檢疫局。