樹林車站

兩座島式月台，一座側式月台。

側式月台的第三月台已於2007年5月3日啟用，僅機動性使用，大多以終點列車停靠為主，偶爾會有始發列車臨時從此月台發車。

跨站式站房，購票及服務設施設在三樓大廳，與前後站均有連通。

前站有兩座樓梯，一座進站一座出站。

後站僅有一座樓梯，因為原後站出站樓梯，被徵用為第三月台樓梯使用。

月台

1 1A █西部幹線（下行待避）往台中、高雄方向

█東部幹線直通（上行）到達

2 1B █西部幹線（下行）往台中、高雄方向

3 2A █西部幹線（上行）往台北、基隆方向

4 2B █西部幹線（上行待避）往台北、基隆方向

█東部幹線直通（下行）往花蓮、台東、高雄（經南迴線）方向

█東部幹線直通（上行）到達

5 █林口線（上下行）調車

7 3 █東部幹線直通（上下行）到達

現為一等站。

為東部幹線（宜蘭、花蓮及台東方向路線）對號列車的實際起點站及終點站。

東部幹線區間車主要始發站及終點站。

西部幹線主要停靠區間車、莒光號以及部分自強號列車。

鄰近設有樹林調車場並由本站管理，供東部幹線各級列車整備、發車使用。

通往樹林調車場的軌道為平行於縱貫線的第三線（小運轉線），不影響主線行車。

如果小運轉線或其前後的道岔有問題，列車可以臨時經由西正線進出調車場。

二樓設有7-11便利商店及樹林就業服務站。

本站開放使用悠遊卡、台灣通及遠通ETC卡付費。

有地下化之規劃。