蛋白質互作網路是由單獨蛋白通過彼此之間的相互作用構成，來參與生物信號傳遞、基因表達調節、能量和物質代謝及細胞周期調控等生命過程的各個環節。系統分析大量蛋白在生物系統中的相互作用關係，對於了解生物系統中蛋白質的工作原理，了解疾病等特殊生理狀態下生物信號和能量物質代謝的反應機制，以及了解蛋白之間的功能聯繫都有重要意義。
蛋白質相互作用通常可以分為物理互作和遺傳互作。物理互作是指蛋白質間通過空間構象或化學鍵彼此發生的結合或化學反應，是蛋白質互作的主要研究對象。而遺傳互作則是指在特殊環境下，蛋白質或編碼基因收到其他蛋白質或基因的影響，常常表現為
表型變化之間的相互關係。蛋白質互作網路包括：蛋白質互作檢測技術(
免疫共沉澱技術、
酵母雙雜交技術、串聯親和純化-
質譜分析技術、蛋白質互作預測技術、遺傳互作檢測技術)蛋白質互作資料庫、蛋白質互作網路。