嘉興市農科院堅持“立足嘉興，服務浙江，面向長三角”的辦院方針和“面向生產，造福農家，服務社會”的工作宗旨，以促進農業增效、農民增收、農村發展為已任，努力創建長三角第一流的地市級農科院，為現代農業的可持續發展和農業生態環境建設提供技術支撐。
嘉興市農科院，始成立於1956年，是一個以應用研究為主的純公益型農業科研單位，著重解決當地農業生產中的關鍵性和共性技術問題。50多年裡，選育出了112餘個
水稻、
大麥、蔬菜等農作物新品種，開展了一系列卓有成效的農業技術研究與推廣工作，培養和凝聚了一大批優秀人才，為
嘉興市、浙江省乃至長三角農業和農村經濟發展作出了重要貢獻。